Структурата на Нов български университет се определя от принципа за разделението на властите и вътрешната свобода за инициатива на университетските звена.
Стратегическото и финансовото управление на Университета са в правомощията на Настоятелството на НБУ. То определя общата структура на Университета, приемат Правилника за неговото устройство и дейност, разработва институционалната и обществената му политика, определя неговата образователна, финансова и стопанска стратегия и привлича средства за развитието му.
Към Настоятелството действат два постоянни съвета: Разширен ректорски съвет и Директорски съвет, както и постоянни комисии: Комисия по стратегическо развитие с председател Председателят на Настоятелството; Комисия за развитие на академичния състав с председател Ректора; Комисия по качеството с председател Заместник-ректора по качеството и акредитацията; Комисия по наредбите, Комисия по управление на проекти за стратегическо развитие, Издателски съвет, Научен комитет и Комисия по етика, с председатели членове на Председателския съвет на Настоятелството.
Администрацията на Настоятелството подпомага дейността на Настоятелството и на Председателския съвет на Настоятелството и се ръководи от Изпълнителния директор.
Академичното управление е в отговорността на Академичния съвет и Ректора. Те отговарят за провеждането на образователната и научната политика на университета. Управляват учебната, изследователската и международната дейност на университета. В Академичния съвет на НБУ представителство имат университетските структури, преподавателите, студентите, докторантите и администрацията.
Академичната дейност се подпомага от заместник-ректорите, Ректорския съвет, Конференцията на НБУ, разширения Академичен съвет и Централната университетска администрация.
Учебният процес се организира от факултетите, които са изградени на принципа на образователните степени. Те свързват образованието с изследователската дейност и практиката. Факултетите се управляват от факултетни съвети и декани.
Обучението се осъществява по учебни програми, които се управляват от програмните съвети, директорите на програмните съвети и програмните консултанти. Учебно-практическата дейност на студентите и преподавателите се извършва в учебно-практическите и изследователски звена към факултетите и департаментите.
Професионалното и продължаващо обучение в Нов български университет (НБУ) е организирано чрез Училището за професионално и продължаващо обучение (УППО) в НБУ. То включва професионално-квалификационни програми, следдипломни педагогически и други квалификации, разнообразни обучения, академии, семинари, практикуми, летни и бизнес училища, ИТ сертификационни курсове, чуждоезикови курсове, български език за чужденци, публични лекции и други разнообразни обучения и събития в различни направления, които са ориентирани към всички възрасти.
Изследователската и творческата дейност се организират от департаментите и изследователските центровете. Департаментите обединяват преподаватели и изследователи в едно научно направление и свързват НБУ с външната среда. Те работят по международни и национални проекти, предлагат нови учебни програми и привличат преподаватели. Департаментите се управляват от департаментен съвет и ръководител на департамента.
Департаментите в НБУ са: Администрация и управление, Антропология, Археология, Архитектура, Изкуства и дизайн, Здравеопазване и социална работа, Икономика, Информатика, История, Кино, реклама и шоубизнес, Когнитивна наука и психология, Медия и комуникации, Музика, Национална и международна сигурност, Нова българистика, Политически науки, Природни науки, Право, Средиземноморски и Източни изследвания, Театър, Телекомуникации, Философия и социология и Чужди езици и култури.
Изследователските центрове в НБУ са: Български институт за отношения между хората, Център по когнитивна наука, Югоизточноевропейски център за семиотични изследвания, Български институт по египтология, Институт за съвременни физически изследвания.